先天性尿道下裂的原因可能是双水合睾酮作用导致生殖关节形成阴茎，这时遗传因子发生基因突变、染色体异常等，就会发生尿道下裂。日常化学品、工业污染物、农药的雌激素成分等环境因素影响了雄性的性分化，形成了尿道下裂。经常使用孕酮避孕的母体容易引起胎儿尿道下裂。