牙源性囊肿最好的治疗方法是通过手术去除囊肿，需要根管治疗患牙源性囊肿的牙齿，局部麻醉下切开黏膜组织，打开组织皮瓣去除囊肿表面的骨组织，彻底去除囊肿，不能留下囊肿。在牙根部位进行1-2mm的牙根膜切除，防止囊肿复发，最终在手术部位缝合黏膜。平时在囊肿部位进行冰敷，保持口腔清洁。