阴茎短小的原因主要有以下几种：1、肥胖的孩子体内雌激素水平比较高，导致孩子阴茎发育比较小；2、还有一种就是隐匿性阴茎，阴茎大部分都隐藏于患者的脂肪内，这种情况可以通过手术进行矫正，其实阴茎本身体积还是可以的；3、遗传因素，因为国人的阴茎较欧美及非洲的人种确实比较小，同时父亲的遗传也很重要；4、睾丸分泌雄激素，如果雄激素异常也会导致阴茎发育的异常，导致阴茎较小。