慢性腹泻患者可以选择服用具有健脾止泻作用的一些中药方剂进行调理，一般可用水煎服葛根岑连汤等，也可服用绿梅止泄颗粒一类中成药，或者是选择口服益生菌类和止泻药物来治，同时，最好是多吃茯苓大米粥和山药莲子粥等可以起到食疗作用的食物。

宝宝慢性腹泻的治疗方法有多种，首先需要使用对症治疗，其中包括预防脱水和平衡营养，出现脱水的情况就要补充液体。除此之外，还可以使用中医疗法，其中包括中医推拿和中药敷贴，在治疗的过程中需要做好护理工作，维持自身的营养，一旦出现不良反应，就要及时纠正。

慢性腹泻患者需要忌吃含油脂过高的食物，所以在烹饪菜肴时，要控制好植物油的用量，尽量以蒸、炖的方式制作。另外，也要限制高蛋白食物的摄入，且少吃会促排便的高纤维食物，以及会对肠胃造成刺激的辛辣刺激食物，这样才能让慢性腹泻更快恢复。

慢性腹泻的推拿治疗方法之一就是揉外劳，也就是说按揉手背中央的外劳宫穴，再就是补脾土，也就是在脾土穴做顺时针推拿。运内八卦也是慢性腹泻常见的推拿治疗方法。除此以外，摩腹、揉脐以及按揉足三里等推拿方法也都有助于治疗慢性腹泻。

慢性腹泻的常见并发症为营养不良和维生素缺乏症，与长期性大便次数增多和营养流失有关。同时会导致抵抗力下降，而出现真菌性肠炎一类继发性感染疾病。部分患者可能会并发中毒性肝炎，还可有电解质紊乱及肠出血的可能性，严重时会导致肾衰竭。