干燥综合征的并发症因器官的不同而不同。如反复腮腺肿胀伴发热，除肝综合征外，应排除恶性肿瘤。如果累及肺部，慢性咳嗽可发展为肺间质性疾病、肺纤维化甚至肺动脉高压。如果胰腺受累，慢性胰腺炎可能发生。如累及肾脏，可出现肾小管酸中毒，合并慢性肾功能不全。早期干燥综合征，一般不涉及脏器，没有并发症，也不会影响正常生活。