肛门的松缩和排便功能是受神经支配内外括约肌和肛提肌来维持的。这些肌肉松弛，张力降低，或被切断、切除，或形成大面积瘢痕，都会引起肛门失禁。若直肠脱垂、痔疮、息肉脱出引起的肌肉松弛、张力降低也会引起肛门失禁。老年人患有某些疾病也可引起肌肉萎缩性肛门失禁。肛门直肠脓肿、肛瘘、直肠癌等手术切断或切除括约肌也可引起肛门失禁。烧伤、烫伤、化学药品腐蚀也可引起大面积瘢痕的肛门失禁。