卵巢的一些生理囊肿，即卵泡囊肿和黄体囊肿，因此通常在口服药丸后两三个月自行消失。也有输卵管和卵巢囊肿，一般为炎性囊性积液。也可与子宫肌瘤区分开来，子宫肌瘤很容易与腔下卵巢的湿性肿瘤混淆，与怀孕的子宫混淆，子宫也会增大，检查时容易被误认为是卵巢肿瘤。也可与腹水鉴别，因为大量腹水需要与巨大卵巢囊肿鉴别。还有一些恶性卵巢肿瘤需要与子宫内膜异位症和结核性腹膜炎以外的肿瘤进行鉴别。