肾结核的治疗包括一般治疗、抗结核化学药物治疗以及外科手术治疗。一般来说，抗结核药物治疗要早期、联合用药、适量、规律和全程使用敏感药物，做到彻底治疗。最常见的治疗失败的原因是治疗不充分。目前主要推荐使用短程治疗方案，总疗程6或9个月。如果有一侧肾脏病变严重，估计化疗不能消灭结核菌和恢复肾功能，而对侧肾功能无明显损害的患者，合并尿路梗阻的患者，肾血管受侵蚀，导致严重的尿路出血的患者需要手术治疗。肾脏切除前抗结核药应强化治疗4~8周，保留肾组织的手术和修复重建术，术前抗结核药化疗需3~6个月。