导致慢性腹泻发生的原因，分非病理性原因和病理性原因。非病理性原因包括季节环境因素、不良饮食和胃动力不足引起的消化不良。而病理性因素包括一些全身性疾病，例如甲亢、糖尿病等等。另外，如果患上胃肠道疾病和肝胆胰腺疾病，都可能在不同程度上影响到正常消化功能，进而出现慢性腹泻的情况。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的发病原因之一就是患有某些代谢性疾病，较为常见的就是甲状腺机能亢进症，也有可能是患有糖尿病。各种消化系统疾病也有可能会导致慢性腹泻，比如说克罗恩病，除此以外，溃疡性结肠炎以及大肠癌等消化系统疾病也容易引发慢性腹泻。

预防慢性腹泻的关键性措施之一为养成良好饮食习惯，不可以生食肉食，应避免进食刺激性较大的肥厚、油腻及生冷食物。同时要加强身体保暖，避免腹部受风受寒，平时则要积极参与体育锻炼，注意个人清洁卫生。除此之外，还要定期去医院做肠胃镜及大便常规一类检查。

慢性腹泻的常见并发症为营养不良和维生素缺乏症，与长期性大便次数增多和营养流失有关。同时会导致抵抗力下降，而出现真菌性肠炎一类继发性感染疾病。部分患者可能会并发中毒性肝炎，还可有电解质紊乱及肠出血的可能性，严重时会导致肾衰竭。