出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

小儿慢性腹泻的病程一般会持续两个月左右，还有的患儿可能不会持续性的腹泻，但每次发作间隔时间都在两到四周不等。患儿每次病情发作时，都会表现为大便次数增加、大便性状稀薄，且伴随有腹痛、肚脐胀痛的症状。而导致慢性腹泻病程延长的原因，主要是原发病未能及时控制有关。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。