如果患上肛门囊肿这种疾病，可以口服一些药物来进行治疗，比如盐酸左氧氟沙星片、阿莫西林克拉维酸钾片、盐酸克林霉素胶囊等抗生素类药物，再就是中成药小金丸。另外也可以外用药物来治疗，常用的就是复方荆芥熏洗剂和复方角莱酸酯栓。