角膜囊肿摘除有一定的危险。所有的手术都存在着危险，角膜囊肿摘除也不例外。如果囊肿的位置比较好，而且没有浸润或者浸润不明显，手术的危险性相对较低。但如果说囊肿很大或者说浸润明显，治疗的难度会大大增加，危险性也会加大。