虽然藿香正气丸是一味中成药，副作用比较小，但是体质敏感或者服用方法不当，也可能会引起不良反应，比如出现过敏反应，肠梗阻，上消化道出血，小儿低血糖等。在服用藿香正气丸时，注意不要和滋补类中药、头孢类抗生素同服，服药期间饮食要清淡，脾胃虚寒者要慎重用药。