出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

慢性腹泻患者需要忌吃含油脂过高的食物，所以在烹饪菜肴时，要控制好植物油的用量，尽量以蒸、炖的方式制作。另外，也要限制高蛋白食物的摄入，且少吃会促排便的高纤维食物，以及会对肠胃造成刺激的辛辣刺激食物，这样才能让慢性腹泻更快恢复。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻可以对症服用中成制剂治疗，若是与湿热下注病症有关，可以服用葛根岑连丸。脾肾阳虚者可以选择服用四神丸，在存在有脾肾虚寒一类病灶时则可以改用泻痢固肠丸。除此之外，还可以服用参苓白术丸、调脾止泻丸以及枳实导滞丸一类中成制剂。文中药物仅供参考，需遵医嘱谨慎用药。

导致慢性腹泻的原因之一就是消化系统疾病，比较常见的有肠道感染性疾病、肠道非感染性疾病，也包括肝胆胰腺类疾病。甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退等内分泌代谢性疾病也容易引发慢性腹泻，另外，慢性腹泻的发病和某些免疫性疾病也有关系。