肛瘘瘘管自己萎缩的可能性极小。肛瘘由内口、外口和肛瘘窦道组成。肛瘘在没有人为干预的情况下，由于外口是皮肤，皮肤生发层细胞生长活跃，所以肛瘘的外口会先愈合。而肛瘘的内口和窦道愈合较慢，这样窦道内会再继发感染，而形成多个窦道，成为复杂性肛瘘。所以有肛瘘的病人应该尽早手术治疗，切除肛瘘的窦道。手术一般在骶管麻醉下进行，如果是高位肛瘘还需要挂线疗法。