肛瘘如果长期不治疗会出现流脓流水，造成内衣裤的污染，从而引发细菌的增生，可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛门疾病。随着病情的进展，瘘管的严重程度越来越重，会造成复杂性肛瘘，而治疗难度增大，造成肛门失禁等一系列后遗症。严重影响患者的正常生活。并且浓液、粪便会污染内裤，会出现异味，也会导致外阴处出现感染。长期处于流血流脓的状态会造成体内铁的缺失，从而引发贫血造成头疼、头晕的毛病。随着病情的进展，可能会出现肛周癌变，甚至危及生命。

肛瘘的主要鉴别诊断是患者近期是否出现红肿，热痛等现象，一般肛瘘患者都会有肛周脓肿的病史的。通过肉眼可看到肛周皮肤上有外口，常常出现为单个，表现为红色乳头状突起，用手按压可以出现脓性分泌物有或带血的分泌物。而肛门流脓、流粪是最主要的表现,其他肛肠疾病是不会出现的。因分泌物的刺激，有时候患者会觉得有瘙痒感。在触诊时可发现皮下有条索状肿物向肛门方向，并且在齿状线有相应部位出现瘘口是最典型的临床症状。治疗时最好的方式就是手术治疗。

肛瘘手术后，首先在术后一到三天内要吃少渣软食半流质的食物，可以吃一些小米粥、面条、煮烂的熟肉。尽量避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、大蒜。同时避免食用海鲜类的食物，容易引起伤口发炎，伤口不易愈合。多吃一些新鲜的水果蔬菜，例如苹果、梨、香蕉，也可以多吃一些富含胶原纤维及丰富蛋白的食物，比如鱼类、瘦肉和鸡蛋。还可以多吃一些富含粗纤维的食物，例如韭菜、芹菜。患者避免食用一些腌制的食物及油腻食物，尽量少饮酒。鼓励患者多喝水，促进肠道蠕动。

肛瘘主要是由于肛周脓肿所遗留下来的窦道感染，肛周脓肿不及时治疗，没有一次切开根治，脓肿破溃，但脓流出了，肛周脓肿的瘘管并没有切开引流干净，就会形成有窦道感染，形成有肛门的窦道感染，有瘘管的感染，就叫做肛瘘。如果肛瘘不及时治疗，不把窦道清除干净了，有可能会由低位的肛瘘发展为高位的肛瘘。一般的肛瘘目前为止都是手术治疗，手术时间也很短，尤其是低位肛瘘，一般要做半个小时左右。如果低位的肛瘘不及时治疗，经常用一些消炎药，用输液来抗炎治疗，有可能瘘管不能够彻底的根治，后可能会发展成为高位肛瘘，那样就不太易诊治了。所以发现了有肛瘘，应该及早的去医院去诊治，越早越好。得了肛瘘不用特别害怕，做一个很小的微创手术，就能够解除排便时，甚至于肛门流血、流脓的一些症状。

一般肛瘘的保守治疗现在很少用，因为90%的人都主张肛瘘做手术。如果有病人特殊情况，比方说有白血病、血色素很低、岁数非常的大，甚至于有脑梗的病人，实在不能做手术了，首先要用消炎的药，用一些外用的抗炎的药膏，然后用一些痔疮栓，最好还要用一些中药的泡洗，争取让瘘管不再去感染。但是如果说保守治疗用了药了以后，肛瘘的瘘管完全好了是不可能的，只能减轻症状。待机体抵抗力增强了，比方说血液病基本上控制了、岁数大的人体力能够支持了，建议最好还是要做一个很简单的肛瘘的瘘管切开根治术，这样患者以后就不会再受到肛瘘的每次流血、流脓的危害。但是个别的病人，确实不能够承担手术的，可以先用一些消炎的、清热解毒的，甚至于用一些中药的泡洗，能够减轻症状，但是不能够根治，要是抵抗力强，能够有条件的，最好以手术为佳。