药物治疗有非甾体类抗炎药、恩塞子药物、口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮和达那唑等。药物治疗主要的使用药物是非甾体类抗炎药、恩塞子药物，主要的作用机制是通过抑制前列腺素的合成，减轻疼痛，促进促性腺激素释放激素，也是内异症常用的药物，在短期内促进垂体LH和FSH释放后持续抑制卵巢分泌，促进显激素，导致卵巢的激素水平下降，出现暂时性的闭经，又称为药物性的卵巢切除。口服避孕药物的治疗目的是降低垂体促性腺激素的水平，并且直接作用于子宫内膜，导致内膜萎缩，经量减少。其他的药物还有孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮和达那唑等。药物治疗是治疗子宫内膜异位症的一种方法，药物治疗的目的是抑制卵巢功能，阻止内膜异位症的发展。适用于有慢性盆腔疼痛，经期痛经症状较为明显，以及有生育要求，并且没有卵巢囊肿形成患者。对于较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明者，这样的情况，适宜采用手术的治疗。

子宫内膜异位症是月经血当中含有大量的子宫内膜，所以子宫内膜会在腹腔内生长，还有淋巴静脉的播散，医源性的种植。子宫内膜异位症主要有种植学说，即经血倒流。手术将子宫内膜带到切口直接种植。还有一种是体腔上皮化生，即细胞突变。

子宫内膜异位症的原因目前没有一个定论，都是处在研究阶段的学说。最经典的学说就是经血逆流学说，因为在手术过程中经常发现盆腔里有逆流的经血。还有一些异位的子宫内膜学说，就是这些患者子宫内膜容易异位，容易粘到别的地方，在别的地方生长浸润。

子宫内膜异位症最严重的也是比较常见的是慢性的盆腔的疼痛，其次会造成子宫肌腺症，每次月经后，经血积在子宫肌层里，引起子宫体积增大，引起疼痛。另外容易形成卵巢巧克力囊肿。如果子宫内膜异位到输卵管以及子宫的后方，都可以引起疼痛。

子宫内膜异位症最常见的表现是痛经或者是月经前后不适，主要还是以疼痛为主。一般有痛经的患者，再结合妇科的查体就能发现子宫内膜异位症，卵巢上的这种病症最多见，甚至还有些人会有心绞痛，这些都是子宫内膜异症比较多见的表现形式，辅助检查是必须的，卵巢囊肿或者盆腔结节都能帮助诊断疾病。