慢性肾衰竭的治疗分为原发病治疗，慢性肾衰竭没有到透析前的非透析疗法，以及并发症治疗。具体要在专业医生的指导下选择合适的治疗方法。
如果是由于慢性肾小球肾炎引起，会针对尿蛋白、肾炎引起的高血压等进行治疗。慢性肾功能不全的非透析疗法是指病人患慢性肾功能不全，但是血肌酐还没有进入透析阶段，要低蛋白饮食加复方α-酮酸，同时用排除体内毒素的药物。比如大黄制剂、碳酸氢钠、尿毒清等。如果到慢性肾脏病3期以后，会出现各种并发症。比如肾性贫血，这时就要补充铁剂、给促红细胞生成素纠正贫血的治疗。如果出现钙磷代谢紊乱，要给活性维生素D以降低血磷、升高血钙。如果出现高钾酸中毒，需要纠酸的药物，比如口服碳酸氢钠、静脉点滴碳酸氢钠或降血钾的药物。