绝大多数面肌痉挛是由血管压迫面神经根部引起，部分是继发于面神经瘫痪后，少数是由桥小脑区的肿瘤，比如胆脂瘤、脑膜瘤等引起。
最常见的是血管因素，目前大概有80%到90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区域存在血管压迫而导致。小脑前下动脉和小脑后下动脉是最常见的会有血管压迫的血管，由于这两条血管变异较大，因此容易形成血管襻，异位压迫到面神经根部。此外变异比较大的血管，包括椎动脉、基底动脉等，也可以对面神经根部引起压迫。
第二个常见因素是继发于面神经瘫痪之后，由于面神经瘫痪引起连带动作，也可以引起面肌痉挛、面肌抽搐。还有一个因素是非血管因素，比如桥小脑区的肿瘤或者是囊肿等，也可以引起面肌痉挛，可能的原因是肿瘤引起正常血管的移位或者是肿瘤本身压迫面神经根部。此外其他因素，包括面神经的脱髓鞘病变、多发性硬化等，也可引起面肌痉挛。