肛瘘的术后护理非常重要，如果术后护理不当，第一个不良后果，是创面不能愈合。
第二个不良后果是，有时候容易造成假愈合，或者有时候处理不当，可能造成肛瘘的反复发作，所以在肛瘘术后处理方面，要勤观察。术后基本上每天还要观察它的创面的情况，有没有肿痛，疼痛的情况，有没有瘙痒，看创面肉芽的情况。如果局部仍然有红肿，可能在处理过程中，是不是还遗留有其他未发现的支管，没有处理到。
所以在临床上每次换药，要注意观察创面的情况，分泌物的情况。如果创面有少量的组织液的一些渗出，这都是正常，甚至在术后早期的话，少量的渗血也属于正常情况，但是如果这个时间比较长，发现这个创面仍然浮肿、肿胀，可能需要寻找它的原因。
另外如有分泌物需及时的进行擦洗、冲洗。如果发现有假性愈合的情况，要及时的给它挑开。比如有时候比较深的管道，就容易遗留一些异物，比如那些药膏，或者药捻、药条，要及时全部的去除，不能遗留进去，如果遗留进去以后可能造成后期的创面不能愈合。