一般是痛经引起，也可能是胃肠道疾病或泌尿系疾病引起。月经是由下丘脑-垂体-卵巢轴周期性相互作用而形成，在卵巢分泌的雌激素的作用下，子宫内膜发生增生性变化，然后在月经中期排卵，排卵后子宫内膜在孕激素的作用下，转变为分泌期内膜。若排卵后未受精怀孕，黄体萎缩后子宫内膜失去激素的支持，子宫内膜脱落而月经来潮。月经第三天肚子疼痛，有可能为痛经引起，也可能是胃肠道疾病或泌尿系疾病引起，如果只是偶尔，一般不需要处理，消化系统或泌尿系统问题通常伴有胃肠不适、腹泻、尿痛等表现。月经期注意外阴清洁，适当加强营养，规律作息；另外月经期吃热饮，注意保暖，少吃生冷可能也有一定的缓解痛经作用。若有不洁饮食、胃肠道慢性疾病或泌尿系结石病史也需排除相关疾病引起的疼痛。

痛经一般是指在来月经的前后或者是月经期出现下腹部疼痛，可伴有腰骶部的疼痛、恶心不适等症状。痛经在临床上分为原发性痛经和继发性痛经。原发性痛经是指生殖器官没有器质性病变，其与月经来潮时子宫内膜前列腺素含量增高有关，对身体一般不会造成什么危害，仅仅是疼痛严重时会影响正常的工作、生活与学习，在发生疼痛时用药症状可以得到很明显的改善。继发性痛经往往是由于器质性疾病所引起的比如说子宫腺肌症、子宫内膜异位症，这是因为异位的内膜长到了子宫体以外的部位，从而导致的疼痛会给身体带来不少的问题，比如长时间的疼痛经期延长、经量增多，甚至会引起贫血的发生从而出现不孕症。

月经期间由于体内前列腺素分泌增加，前列腺素作用于胃肠道，可引起平滑肌收缩，抑制胃酸分泌，所以会出现肚子胀气。如果出现肚子胀气，可以顺时针按摩腹部促进胃肠蠕动。月经期也可以腹部放置热水袋，促进胃肠道蠕动，缓解肚子胀气。来月经时不要喝冰冻的饮料，不要吃寒凉性的食物，这些食物都可能会导致肚子不舒服。来月经肚子胀气也可以用热水泡脚，并每天坚持泡脚一次，每次泡十分钟至十五分钟，促进血液循环减少肚子胀气。如果用上述方法不能缓解肚子胀气，建议口服胃肠动力药如吗丁啉或者莫沙必利等药物进行治疗。饮食上注意吃容易消化的食物，多吃蔬菜和水果，不要喝碳酸饮料，最好不要吃甜食。月经期间要适当的活动，促进胃肠蠕动。

引起痛经的常见原因有体质虚弱、缺乏运动锻炼、吸烟、过度的劳累紧张都有可能导致痛经。所谓痛经是指妇女正值经期或经期前后出现的周期性小腹疼痛或痛引腰骶，甚至剧痛昏厥者，也叫经行腹痛，女性痛经是一种严重的妇科疾病。大部分女性患者痛经的原因是体质虚弱，缺乏运动锻炼，因此对疼痛的耐受力下降，女性吸烟容易引起痛经，因为吸烟常会造成血管收缩而形成缺血性疼痛，由于每个人体质不同，过度的劳累紧张都有可能导致痛经，原发性痛经有遗传病史，母亲和女儿都会出现痛经。如果是盆腔器质性疾病，如子宫内膜异位症、子宫腺肌、子宫腺疾病、盆腔炎或宫颈狭窄等引起的继发性痛经，这类痛经会随着疾病的痊愈而减轻。部分人痛经是因为不正常的子宫收缩导致子宫平滑肌缺血出现的疼痛，子宫发育不良子宫发育不佳容易合并血液供应异常，若妇女子宫位置极度后屈或前屈，可影响经血通畅而致痛经，这样的情况会引起经血的不畅通从而引发的痛经，中医认为气滞血瘀、寒凝气滞、气血虚弱、肾气亏损等都可以引起痛经。

艾灸可以治疗痛经，因为艾灸是针灸疗法的重要部分，它是用艾叶制成艾灸材料，点燃以后温热刺激作用于穴位局部达到一个治疗效果。中医认为艾灸有温经散寒止痛的作用，所以它可以治疗痛经，艾叶燃烧之后本身作用在穴位局部或下腹部，可以加快血液循环，血液循环加快可以松弛局部肌肉的紧张和收缩，达到缓解疼痛的效果，这种温热刺激作用于穴位之后可以刺激精气的提升，使经络更通畅起到通经止痛的作用。艾灸可以帮助缓解经行的疼痛，具体的穴位应用或应用时间要根据病人的情况具体而定。