乙肝治疗相对比较复杂。一般治疗方法包括保肝治疗和抗病毒治疗。乙型肝炎有携带者、急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、乙肝的重症肝炎，还有肝硬化甚至肝癌等，临床情况非常多样，也非常复杂。所以，治疗乙肝是一个比较大的工程。一般情况下，临床说的治疗乙型肝炎，在没有发生肝硬化或没有出现其它更严重的肝病之前，一般面临两个方面的问题，一方面是肝损伤。就是患者有无明确的肝损伤。另外一方面是病毒有无明显的复制。如果经过检测HBV-DNA很高，病毒的复制非常明显，这时要进行抗病毒治疗。
如果肝功能也异常，甚至是大三阳的患者，也需要进行抗病毒治疗。抗病毒治疗一般是有两种药物，一种是传统的干扰素加利巴韦林的治疗。第二种是口服核苷类似物的治疗。这两种药物都可以，因为干扰素加利巴韦林的治疗副作用相对较大，有的患者不能耐受，所以临床上用的比较多的是核苷类似物，用起来比较方便，核苷类似物是口服药，效果非常好，只是疗程会稍长。
乙肝治疗要观察的是，第一是DNA需要通过治疗转为阴性。第二是肝功能比较正常。如果肝功能损伤比较明显、降转氨酶也很高，甚至出现了胆红素升高、黄疸，时除了抗病毒治疗，还要进行肝功能的保肝治疗。保肝治疗有针对转氨酶升高、胆红素升高以及其它肝损伤的治疗，药物也非常多，比较庞杂。