甲亢初期如果患者合并轻度的肝功异常，更多的倾向于使用甲巯咪唑这类药物。如果患者对于甲巯咪唑过敏或者存在其他的情况，倾向于服用丙基硫氧嘧啶。
治疗甲亢的药物分为两大类，一类是甲硫咪唑；另一类是PTU，又称为丙基硫氧嘧啶，最常见的是这两大类药。
在病程早期发现患者是甲亢，而且甲亢的指标已经明显存在异常时，如果患者是年轻女性或者年轻男性，没有心脏或者肝肾功能异常，甚至没有血项异常，其实更多的倾向于早期应用药物治疗，药物治疗其实在整个甲亢治疗过程当中贯穿始终。总体来讲，抗甲状腺药物都是抑制甲状激素的释放，在整个用药过程当中，需要评估这些药物的副作用。在权衡利弊之后，所有的抗甲状腺药物在疾病初期都建议使用。