引起宝宝消化不良的原因有：喂食不当、宝宝的消化系统发育还不健全、气候的突然变化、肠道感染等。
一、人工喂养儿，喂养不定时、不定量，突然改变食物的品种，或者是过早的喂养淀粉和脂肪类的食物、高糖果汁、肠道刺激性食物。过敏性腹泻，比如说对大豆、牛奶过敏。还有原发性或继发性的双乳糖酶缺乏或者活性降低，肠道对糖的吸收不良而引起腹泻。
二、宝宝的消化液分泌也不充分，酶的功能也不完善，消化能力比较差，有的家长过早的给宝宝添加辅食，什么都给孩子吃，使孩子的饮食的质和量不当，损伤了胃肠，引起肠胃功能的紊乱，孩子会出现腹胀、呕吐、大便稀有酸味，并有大量未消化的食物残渣等消化不良的表现。
三、腹部受凉使肠蠕动增加，天气过热，消化液的分泌减少，喝水太多，或者食用冰冷的食物都可以诱发消化功能紊乱。
四、比如说常见的这个肠道的病毒、细菌、寄生虫等感染，都可以引起来。还有一些其它的感染，比如说上呼吸道的感染，肺炎等也会导致。