临床上前列腺炎可分为很多种类型，细菌感染常用抗菌药物，如喹诺酮类抗生素，非细菌性前列腺炎要根据病原微生物的种类选用药物，用药比较复杂，因此需在医生指导下，根据具体情况确定用什么药物。细菌感染，常用抗菌药物进行病因治疗，可以用喹诺酮类如环丙沙星、氧氟沙星。也可用头孢菌素、妥布霉素、氨苄西林等；衣原体感染，可用红霉素、阿奇霉素等；淋球菌感染可用头孢曲松；厌氧菌感染则应用甲硝唑。
急性前列腺炎治疗不及时可能变为慢性细菌性前列腺炎，多数患者治疗效果不明显。首选红霉素、多西环素等穿透力较强的抗菌药物，可以多种抗菌药物联合用药，以防止出现耐药性。
慢性非细菌性前列腺炎，要根据病原微生物的种类选用药物。比如衣原体、支原体造成感染可选用米诺环素、多西环素及碱性等药物进行治疗。如果其他原因引起前列腺炎可以用红霉素、甲硝唑等药物。另外α受体阻滞剂可以有效的解除痉挛、明显改善现有的症状。
特殊情况下，比如有精神障碍、心理障碍患者可用抗抑郁、抗焦虑的药物进行对症治疗，针灸也有一定的效果。