毛囊炎要根治，就需根据毛囊炎类型再进行相对应治疗，主要用口服药物和外涂药膏，同时注意饮食方面。
细菌感染而形成的毛囊炎，就需进行抗菌治疗，可以口服抗生素进行治疗，比如口服多西环素或米诺环素等，都具有抗炎作用。同时口服中成药进行治疗，比如口服龙胆泻肝丸或清风颗粒、防风通圣颗粒等进行治疗。同时配合外涂药膏进行治疗，可以外涂夫西地酸乳膏或莫匹罗星乳膏；外涂中成药，比如外涂龙珠软膏或克痤隐酮凝胶等。
患者也要尽量注意饮食方面的调理，辛辣刺激类食物尽量不要吃，饮食要注意清淡。毛囊炎是由于真菌感染而导致，就需进行抗真菌治疗，可以局部的外涂抗真菌类的药膏，比如外涂硝酸米康唑乳膏、特比萘芬乳膏或萘替芬酮康唑乳膏等。可以口服抗真菌药物进行治疗，比如口服特比萘芬，口服抗真菌药物，要在使用前检查患者的肝功能，肝功能正常就可以使用。