双肾结石危害容易诱发肾脏积水、影响肾脏功能，严重者引起肾衰竭，危及患者生命。
双肾结石比较常见，没有肾脏积水时，对肾功能影响不大，不需过度担心。若结石较大，需积极治疗。若放任自流，结石会在体内越长越大，形成鹿角状结石，引起肾脏积水，影响肾脏功能。手术治疗不及时或术后出现并发症，可能造成肾功能衰竭，甚至危及患者生命。
两厘米以下双肾结石，可通过体外冲击波碎石、双侧软镜手术，将结石击碎。两种方法相对安全，出现肾脏壁膜下出血、感染风险偏低。对较大结石，需经皮肾镜手术治疗。在肾脏上建立通道，把肾结石击碎，用生理盐水等将结石冲出体外，手术有一定风险，可能出现出血、壁膜下血肿、感染，术后还可能出现肾脏萎缩。
手后建议做结石分析，对复发性结石、双侧结石建议进行代谢评估，看有无其系统疾病导致肾结石，如甲状旁腺腺轴导致甲状旁腺功能亢进，形成双肾结石，要将腺瘤切除。