肛瘘作为坐骨直肠肛管周围间隙感染的慢性期，有内口，外口以及窦道，在临床上对于肛瘘的治疗，唯有手术才能获得治愈，一般来说对于低位单纯性的肛瘘可以采用一次性切除达到1期愈后。对于高位，或者复杂性肛瘘，通常需要行肛瘘挂线治疗。
第一，对于无论采用肛瘘一次性的切除或者是挂线治疗，术后注意的事项，首先是饮食上的注意，一般来说，早期两到三天内需要进食流质或半流质，以减少粪便的产生，减轻因为过于频繁排便，而出现刺激手术创面，引起局部手术上面的疼痛，甚至出血。
对于采用肛瘘一期切除的患者，一般术后需要局部以油纱条压迫止血，一般两天左右以后。可以局部用1:5000的高锰酸钾坐浴，从而促进创面早日愈合。
而对于肛瘘挂线治疗的患者，一般每3~4天左右需要收紧一次橡皮筋，从而。使橡皮筋缓慢切割得到，得到其缓慢愈合的作用。