肛瘘手术2周以后，基本上就可以看到新鲜的肉芽生长，肛瘘手术后肛门部位处于污染创面，污染创面在伤口急性炎症期，会持续时间比较长，而急性炎症期，一般在肛门部位是1-2周，由于肛门的新鲜创面，而且很多时候创面是在开放状态，由于粪水的污染、排便的影响、炎症刺激，这种新鲜创面表面会先经过去腐生肌的过程，也就是临床上会看到早期肛门会有很多渗出物，会有坏死的组织，甚至会有黏液样、脓苔样的组织，这都是由于表面被粪水污染以后的现象，随着急性炎症期度过，2周以后肛门伤口渗出渗液，这种脓性分泌物就会大大的减少，然后可以看到肛瘘的创面，会出现比较新鲜的、鲜红的肉芽，这个时候就是肉眼可以见到的所谓的长伤口或者长肉，这个时候创面疼痛，分泌物的渗液量都会大大的减少，疼痛也减轻，而有的甚至会开始出现伤口长肉芽的轻微瘙痒症状，这都代表新鲜肉芽在生长，通常过了2周以后，这样创面就可能会出现长肉的现象。
但如果肛瘘是在伴随脓肿的状态下完成的手术，这个过程可能就会延后，因为脓肿、坏死组织引流以及去腐生肌的过程，会变得延长，而且有些肛瘘手术需要做挂线，在肌肉深处的组织，坏死组织引流，时间可能会变得更长，但绝大多数肛瘘手术创面2周以后，会开始出现新的肉芽生长。