它的治疗是首选抗生素，由于细菌性腮腺炎它是一种化脓性的炎症。化脓性炎症对于头孢一类的抗生素，还有青霉素一类的抗生素都是敏感的，只要对头孢或者青霉素不过敏，可以任选其一。而病毒性腮腺炎也就是常说的流行性腮腺炎，它是一个自限性的疾病，在临床当中它的治疗没有特效的药物，一般都是病原学的治疗。例如病因治疗，腮腺炎病毒的治疗，可以使用利巴韦林，临床上也可以使用一些抗病毒的药物，但是没有针对性的特效的药物，主要就是对症处理。
如果患儿有高热，就采用退热，如果局部口腔有肿胀、疼痛或者是有溃疡，就要进行局部口腔的护理，不要进食酸性的食物。因为进食酸性刺激性的食物会加剧流行性腮腺炎的口腔疼痛，同时还要注意口腔局部腮腺管口的清洁卫生，防止出现继发性的感染。如果患儿腮腺处肿胀、疼痛，也可以使用清热解毒的中药外敷，这样就可以减轻症状。
如果流行性腮腺炎引起了并发症，比如说脑膜炎、心肌炎，它的治疗就是针对脑膜炎和心肌炎的治疗。如果是并发了睾丸炎，就可以采用局部支托保护，对这些并发症主要也就是一些对症处理。