细菌性肝脓肿的感染途径包括了很多种，临床上最为常见的就是胆道的来源，比如像胆囊炎、胆管炎这类的疾病。在导致胆道梗阻以后，细菌可以逆行沿着胆道进入到肝脏，从而引起细菌性的肝脓肿，这是国内临床上最为常见的细菌性肝脓肿的类型。再有体内的化脓性感染，可以沿着血液途径到达肝脏，引起肝脓肿，比如像急性化脓性阑尾炎，细菌可以顺着门静脉的血液，流入肝脏导致门静脉炎以及细菌性肝脓肿。而身体其他部位的感染，比如像肺部的感染，也可以通过动脉的血液途径到达肝脏引起肝脓肿。再有就是肝脏临近部位的感染，可以直接波及到肝脏，引起细菌性肝脓肿。
临床上在发现细菌性肝囊肿以后，需要结合患者的临床表现，以及检查结果进行综合判断。一方面要积极的控制肝脓肿，同时也应该积极控制导致肝脓肿的病因。