刚怀孕时，如果孕酮低，大部分情况下是正常生理现象，是不需要特殊处理的。但很多医生如果检测孕酮低，还是要补充孕激素，保胎治疗。刚怀孕时孕囊较小，常常HCG较低，就会刺激卵巢分泌的孕酮较低，这本质上是一种正常生理现象，是不需要特殊处理的，所以刚怀孕时，其实不建议常规检查孕酮，会引起心理的焦虑。
孕六七周以后，如果仍然孕酮较低，就属于异常情况了，这时要除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况，这时要常规给与孕激素保胎治疗。刚怀孕时孕酮低，一般可以长期随诊观察，随着孕酮变化，到孕六七周以后，如果孕酮高上去了，B超提示正常，就不需要处理了。当然刚怀孕时如果孕酮低，也可以补充孕激素治疗，但有一定的症例。一般到孕六七周以后，如果孕酮仍然较低，首先要做B超检查，除外宫外孕，如果B超未见宫内孕囊，要进一步检查血HCG，两者相结合，判断宫外孕的可能性并做出处理。
如果B超检查看到宫内孕囊，但是孕酮较低，这时一般诊断先兆流产，要给与补充孕激素治疗，大部分都可以转危为安，但一部分会最终保胎失败，流产或者形成胚胎停育。一般来说，保胎两周左右要复查B超，以除外胚胎停育的可能。如果宫内孕囊，持续两周以上未见胎心，或者孕囊平均直径二点五到三公分以上未见胎心，这时我们考虑胚胎停育，就不需要保胎了，要及时的清宫，终止妊娠。