鼻咽喉镜检查一般没有明显的痛苦。当然鼻咽喉镜分为间接鼻咽喉镜和直接鼻咽喉镜以及纤维和电子鼻咽喉镜等等。间接鼻咽喉镜很简单，就是两个小的镜子，一个小的主要是看鼻咽部的叫间接鼻咽镜，一个相对比较大的是看咽喉部的主要看喉部的叫间接喉镜。
这种检查很简单，用压舌板压着舌头可以向上看看鼻咽部，用纱布拉着舌头向下可以看看喉部，这种都没有明显的痛苦。但有的人可能配合起来差一些，因为这类的人咽部的黏膜比较敏感，哪怕喉镜不进去，用压舌板压着舌头，可能就会恶心、干哕，如果出现这种情况间接鼻咽喉镜做不了，可能就要用直接鼻咽喉镜或者纤维电子鼻咽喉镜。
不管是直接鼻咽喉镜还是纤维或者电子鼻咽喉镜，检查之前可以做麻醉，主要是局部麻醉，鼻子、嗓子里面喷点麻黄素，最主要是丁卡因这些的表面麻醉药。鼻子里面可以除了麻药之外可以喷点麻黄素，收缩一下鼻腔，鼻腔比较宽敞，这样在做镜子检查时候就不容易杵到鼻腔黏膜导致出血等等。因为喷了麻药，所以镜子进去以后，病人几乎没有什么痛苦的感觉。所以不管是间接鼻咽喉镜还是直接的纤维电子鼻咽喉镜，检查的时候都是比较安全的，病人完全没有必要担心。