主要的临床表现为瘙痒。1、因为肛瘘排出的分泌物刺激肛周皮肤，可引起潮湿瘙痒，使皮肤长期处于高压的状态，如果严重的话会出现肛门湿疹。2、肛门疼痛，多数患者为隐痛不适，只是感觉局部有发胀感，在走路的时候，可能会出现肿胀及疼痛感。如果是急性感染的患者疼痛比较剧烈。3、肛门分泌物较多。瘘口处会出现反复溢出少量脓性血液和粘液性的分泌物或气体，随着时间的推移，浓液会越积越多。内裤上会出现分泌物，从而污染内裤。4、肛门周围会触摸到明显的肿块，用手按压会出现疼痛感。

低位肛瘘，同样属于肛瘘的一种。肛瘘主要是继发于肛周脓肿行脓肿切排以后。形成的坐骨直肠周围间隙慢性感染形成的窦道，解剖学上来说分为内口外口与窦道。所谓的低位肛瘘也就是指整个肛瘘位于肛管直肠环的下方，内口一般来说开口于齿状线的下方，因为仅仅位于皮下粘膜层，粘膜下层。而与肛管直肠环没有相关性或者说不穿过肛管直肠环，对于低位肛瘘，临床治疗上通常采用局部麻醉或者是硬膜外麻醉，或者是腰麻、甚至全麻，将肛瘘连同窦道一次性的完整的梭形切除，全面敞开，术后以1比5000高锰酸钾坐浴。局部涂以痔疮膏，或者油性的比如凡士林软膏。同时饮食上避免进食油腻辛辣刺激食物，多进食新鲜的蔬菜水果等高纤维素食物，保持大便通畅，通常1~2周左右，就可以获得治愈。

肛瘘在临床上一般来说。预防比治疗可能更有意义。肛瘘与肛周脓肿其实是同一种疾病的不同分歧，也就是说，肛周脓肿是坐骨直肠周围间隙感染的急性期，而肛瘘是其慢性期。所以肛周脓肿表现为局部的红肿热痛，伴有波动感阳性。如果细菌入血通常会引起畏寒高热等毒血症状，而肛瘘主要表现为局部症状，因为局部纤维化疤痕形成，可以表现为肛周部出现。红肿热痛的肿块。脓肿破溃以后。脓液流出，可以自行愈合，但是反复迁延不愈。肛瘘绝大多数在临床上是因为肛周脓肿行脓肿切排以后所引起的继发性感染。对于肛瘘的预防主要是两点第1，及时的预防肛周感染，也就是养成良好的排便习惯，便后采用清水冲洗干净，以避免感染，第二，对于肛周脓肿需要及时的治疗。以避免肛瘘的形成，对于浅表性的肛周脓肿，可以考虑一次行性的行脓肿完全敞开。

引起肛瘘的原因有肛门周围脓肿、直肠肛门损伤、肛裂、会阴部手术、结核、溃疡性大肠炎、克隆氏病。一、肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成主要原因。二、直肠肛门损伤：外伤、来自消化道骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。三、肛裂：肛裂反复感染，引起皮下瘘，引起肛腺炎。四、会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。五、结核：吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。六、溃疡性大肠炎：引起肛瘘。七、克隆氏病：伴有肛瘘。还有其他疾病等引起肛瘘。

肛瘘和痔疮是完全两种性质的疾病，感染原因不同、症状也不同。老百姓觉得肛门有点疼、出水以为是痔疮，把肛瘘误诊为痔疮，实际上不是这样。痔疮属于血管性疾病，以静脉曲张为主，肛瘘是感染性疾病，是大肠杆菌引起的软组织感染，感染后慢慢破溃流脓，从而形成肛瘘。肛瘘与痔疮症状不同，痔疮以便血脱出为主，偶尔会伴有疼痛。而肛瘘以肿块流脓为主，因分泌物太多，引起肛周皮肤病变，有时会伴有瘙痒。此外，肛瘘包块较硬，痔疮因其被血管、软组织、皮肤所覆盖，所以较软，且肛瘘肿胀时会出现疼痛，但痔疮不发作不会疼痛，以出血为主。肛瘘有可能会流血，但与痔疮出血完全不同，痔疮出血为喷射状，肛瘘是破溃流血，因此两种疾病截然不同。