CT结肠成像检查，虽然相对而言较为安全，但仍有部分患者可能会因，应用造影剂而出现相关并发症。
1、造影剂过敏反应
少数患者注射造影剂后可能会出现过敏反应，尤其是患有过敏性疾病，哮喘或心血管疾病以及既往曾出现药物不良反应的患者，造影剂过敏反应的发生风险较高。造影剂过敏反应主要表现为，呕吐、头晕、头痛、皮疹、瘙痒等。部分患者还可能会出现颜面潮红、咳嗽、声音嘶哑、流涕、打喷嚏、暂时性呼吸困难等，检查后如出现上述症状应及时就医。
此外，极少数患者还可能会在注射造影剂后出现喉头水肿、肺水肿、意识障碍、休克等严重过敏反应，严重时甚至可导致死亡。
2、肾功能损害
部分患者还可能由于造影剂的肾毒性引起肾功能损害，大部分患者肾功能异常会在检查后1-2天出现，并在一周后逐渐好转，但也有极少数患者可能会出现肾功能严重损害而需要进行血液透析治疗。
此外，由于造影剂主要经肾脏排出体外，因此检查后1-2天应尽量充分饮水，造影剂外渗局部注射部位可能会因造影剂外渗出现肿胀发红和疼痛等症状，但通常经抬高患肢并适当冷敷后会有好转。