慢性直肠炎病程较长，需要进行长期间歇性治疗，可通过纠正电解质紊乱以及对症治疗，结合柳氮磺胺吡啶、硫糖铝、泼尼松等药物治疗改善。重症患者且合并有严重并发症时，需通过手术治疗改善。营养治疗、高压氧治疗对本病也可起到积极的治疗效果。
一、一般治疗
对症治疗：及时纠正水电解质紊乱，出现贫血的患者可进行输血治疗，低蛋白血症患者可以及时补充血清蛋白。
二、药物治疗
1、抗炎药物：
（1）5-氨基水杨酸：常用于慢性溃疡性直肠炎的诱导缓解及维持治疗，氨基水杨酸可以改变肠道的微环境，抑制前列腺素合成，发挥出抗炎的效果。
（2）柳氮磺吡啶：盆腔肿瘤患者放疗期间口服柳氮磺胺吡啶或巴柳氮，其腹泻发生率及严重程度均明显下降。
（3）泼尼松：该药物主要应用在慢性直肠炎活动期，与柳氮磺吡啶等配合使用；若为出血性放射性直肠炎还可以搭配硫糖铝使用，可以保护黏膜和促进溃疡愈合，病情平稳后不宜长期使用。
2、肠黏膜保护剂：
（1）硫糖铝：硫糖铝作为常用的肠黏膜保护剂，被广泛应用于治疗慢性直肠炎。硫糖铝在胃酸的作用下能解离为氢氧化铝和硫酸蔗糖离子，后者可聚合成一种黏着性糊剂，与溃疡面上带正电荷的蛋白质或坏死组织相结合，形成保护膜。同时可刺激局部前列腺素的合成和释放，改善溃疡局部血流，达到保护黏膜和促进溃疡愈合的作用。
3、保留灌肠：保留灌肠是治疗慢性直肠炎最常用的治疗方法，多种外用药物被认为能通过局部保留灌肠与病变直肠充分接触而起作用。以铝镁加混悬液为基础，联合凝血酶、甲硝唑和表皮生长因子的复合灌肠制剂，对轻中度便血的短期有效率高达90％，长期有效率为69％。此外，使用表皮生长因子、蒙脱石散、磷酸铝凝胶、医用三氧等药物联合灌肠能明显改善其临床疗效。
三、手术治疗
手术的适应证包括合并肠梗阻、肠穿孔、肠瘘、肠道大出血等严重并发症或反复保守治疗无效的顽固症状，如直肠出血、肛门疼痛等。手术原则应是以解决临床症状为首要目标，由于手术会给患者带来创伤，因此，手术的选择应该根据患者的需要来进行考虑，最大限度地降低手术病死率及并发症。
四、其他治疗
1、营养治疗：营养支持可改善患者的营养状况和免疫功能。营养治疗应首选肠内途径，应提供含多种营养素的营养液体、半固体或粉剂的制剂加入饮品和食物中经口服用，目前多建议使用低渣配方121，如有严重肠道功能障碍，可应用完全肠外营养途径。
2、高压氧治疗：高压氧治疗可提高血氧分压和血氧含量，改善肠道炎症反应，促进血管内皮生长因子的合成，激活血管内皮细胞的增殖，促进新生血管的形成，从而加速溃疡愈合。
