亚急性甲状腺炎一般是通过药物进行治疗，具体包括左甲状腺素、抗炎镇痛的药物、糖皮质类激素。

1.左甲状腺素：亚急性甲状腺炎也可能导致甲状腺功能减退，但甲状腺功能减退也是暂时的，通常不需要治疗，因为甲状腺功能减退一般没有症状，即使症状不是很严重，而且持续时间相对较短。如果这是明显的，可以用左甲状腺素治疗，比如左甲状腺素钠片、甲状腺片。

2.抗炎镇痛的药物：如果说疼痛比较轻微，发热的温度并不是很高，可以暂时不用治疗。要是疼痛或者发热症状较为严重，可以考虑应用抗炎镇痛药来治疗，比如布洛芬片、对乙酰氨基酚片等药物。只要用药得当，疼痛发热的症状一般都能够得到缓解。

3.糖皮质类激素：如果说应用抗炎镇痛药治疗2~3天没有效果，建议及时地应用糖皮质类激素来治疗，比如醋酸泼尼松片、甲泼尼龙片。这类药物一般能够迅速地缓解临床症状，持续用药1~2周甚或4~8周以后可以考虑将用药量减少，总体用药的时间一般是6~8周，不过还是需要根据患者的病情来决定使用的时间。

以上药物在应用时需要遵循医生的指导，避免私自用药。