引起腺性膀胱炎的原因主要有感染或结石的长期刺激、胚胎器官发育形成、人乳头瘤病毒感染。

1、感染或结石的长期刺激：膀胱黏膜受到细菌的感染、结石等异物的刺激，以及在残余尿液中某些物质的长期刺激下，膀胱黏膜上皮化生，基层细胞呈灶状增生，并延伸至固有膜，形成实性上皮细胞巢样的腺样结构，形成腺性膀胱炎。上皮细胞不断分泌黏液，并形成含有黏液的囊腔，这种膀胱炎被称为腺性囊性膀胱炎。

2、胚胎器官发育形成：部分内胚层的肠上皮细胞残留在膀胱中，可发育形成移行上皮下结缔组织内的肠上皮样腺体。从胚胎学上考虑，膀胱与直肠共同起源于原始泄殖腔，腺性膀胱炎的膀胱内腺体在形态学上与正常肠腺很相似，这些腺体可能是胚胎剩余发展而成。

3、人乳头瘤病毒感染：腺性膀胱炎具有乳头状和滤泡状增生、上皮细胞内空泡样病变等特点，这些特征与人乳头瘤病毒感染的病理特征相似，特别是上皮细胞内空泡样变，被认为是人乳头瘤病毒感染的病理特征。