中医学认为，各种疾病的病因不外乎内因、外因及内外因。便秘最直接的病因是饮食失节、劳倦过度、情志失调、六淫袭扰、热病伤津、老年体虚、妇人多产、痰滞虫积、药石中毒、排便隐忍、久蹲强努、裂痔畏便等一系列因素。以上致病因素导致脏腑功能失调、气血津液紊乱、大肠传导功能失常引发为便秘。

中医认为大肠的正常生理功能是传化物而不藏。直肠内容物对直肠壁感觉器的刺激，是引起排便反射的启动因素。粪便进入直肠入胃，经胃肠消化吸收，所剩糟粕，由大肠传送而出。正常情况下，人体处于“阴平阳秘”的平衡状态，则消化排泄正常，一旦阴阳失调，则寒热失衡，虚实偏执，便秘生焉。阴寒凝滞，大肠传输不利，即为“阴结”，大肠津耗系脾运无力而便坚者发为“脾约”，“脾约”是指脾虚津少，肠液干燥，以致大便坚硬难出的病症，治以麻仁丸（麻仁丸经现代制剂工艺改良为麻仁软胶囊）
大肠鼓动无力，系肾阳失于温煦而便涩者发为“阳虚秘”，血虚津枯，粪便失濡即为“血虚秘”，如阳明胃热过盛，热灼津液，津伤液耗，则肠道失于濡润而致“热秘”，若脾气不足，升举失常，气虚下陷，则大肠传输无力而致“虚秘”，肝主疏泄条达，若肝气郁结，气机郁滞，津液输布失常，发为“气秘”等等。