泌尿系结石的病因比较复杂，绝大部分病因是不清楚的。但是人类始终未放弃对该病的研究，从考古学发现证实几千年前人类就已患泌尿系结石。

公元130-200年古罗马著名医师Galen就提出结石病与遗传、种族、气候、饮食、饮水、饮酒、痛风、风湿以及代谢病有关，并认为痛风石和尿石的性质和来源相同。在中国古代也有许多对结石病的记录。中医医书中的“石淋”指的就是尿石病。虽然古代中、外文献对结石病均有大量记载，但对结石的形成却无明显的研究。

直到近代18、19世纪，随着生物化学、物理化学的生理学的发展，人们开始注意强调结石的基本病因、成分和类型。十九世纪的英、法医学人士对泌尿系结石做了大量研究，明确肯定饮食与尿石的形成有关。到19世纪中提出尿石形成主要依靠一些有机物与其他可沉淀物，认为：因尿路炎症形成的有机物的胶着或粘基质的作用而形成尿石。

进入20世纪，随着研究的发展，人们认识到除前人提到的结石原因外，患结石实际上是全身疾病的一个症状，是全身代谢的紊乱导致。进入现代社会，尽管仍对大多数泌尿系结石病因不明，但随着科技的发展，人们在最终将病因分为代谢紊乱和局部因素上取得了共识，有些泌尿系结石的病因已能明确诊断，例如：甲状旁腺机能亢进就是引起尿结石的病因之一。