最好别吃。在室内阴凉通风处存放的大蒜发芽后可以吃，但在阳光照射到的地方存放的大蒜，发芽时大蒜表面会变绿，这样就产生了生物碱，最好不要吃。
大蒜在发芽过程中，只是消耗掉蒜瓣中的营养物质，导致蒜瓣萎缩、干瘪，食用价值大大降低，但不会在发芽过程中产生有毒物质，所以发芽的大蒜仍然可吃，只是因其营养消耗，食用价值会大打折扣。