生殖系统感染性疾病造成附属性腺机能损害，造成精液生成减少；精索静脉曲张；肿瘤；隐睾；内分泌异常，男性正常生精功能依赖于下丘脑－垂体－性腺轴功能的正常，其中任何一环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症； 染色体异常； 某些药物等。