根治舌下腺囊肿的方法是切除舌下腺，残留部分囊壁不致造成复发。对于口外型舌下腺囊肿，可全部切除舌下腺后，将囊腔内的囊液吸净，在下颌下区加压包扎，而不必在下颌下区做切口摘除囊肿。对全身情况不能耐受舌下腺切除的患者及婴儿,可作简单的成形性囊肿切开术，即袋形缝合术，切除覆盖囊肿的部分粘膜和囊壁，放尽液体，填入碘仿纱条。待全身情况好转或婴儿长至4～5岁后再行舌下腺切除。