二种药材不同，之间的区别有很大，黄连能清热燥湿，解毒止痢可配秦皮，白头翁等，治湿热火毒，薰灼肠胃，而见腹痛，里急后重，下痢脓血，如白头翁汤。此外，若用小量黄连，配半夏，人参等，有清热健胃作用，如半夏泻心汤。胡黄连，清虚热，退骨蒸作用较强。可配秦艽，地骨皮，鳖甲等，治阴虚骨蒸，夜热盗汗，舌红口干，脉细数，如清骨散。