单纯疱疹感染可以使用抗病毒药物阿昔洛韦来治疗。目前还没有针对其他病毒感染的特定疗法。当儿童呼吸困难时，医生可以使用机械人工呼吸。脑炎患儿治疗后的状况取决于引起病变的病毒和疾病的严重程度。大多数孩子都能完全康复。少数病例可能遭受永久性脑损伤，导致单侧或单瘫无力、学习障碍、行为问题或癫痫。