胃间质瘤的鉴别诊断分为两类，首先是胃癌，一般发生在胃粘膜。患者在进行胃镜检查和病理活检可基本确诊，胃癌患者血液中ca724、cea等肿瘤标志物可能增多。胃间质瘤发生于固有肌层或浆膜下，常规胃镜检查难以发现。然后是胃神经鞘瘤，可通过术前内镜超声活检对患者进行确诊。