中毒性巨结肠多自发发生于爆发性结肠炎，早期或初次发病的几个月内，也可通过低钾及用药错误等特殊检查诱发。具体病因为炎性肠病，如溃疡性结肠炎、感染性结肠炎有细菌性，催贺菌性结肠炎。病毒性，如巨细胞病毒性肠炎、艾滋病病毒感染性肠炎和寄生虫性，如组织内阿米巴性肠炎。