颌骨囊肿根据组织来源，主要分为牙源性的颌骨囊肿和非牙源性的颌骨囊肿。牙源性的颌骨囊肿分为根尖囊肿、始基囊肿、齿源性的角化囊肿。牙原性颌骨囊肿根据发病部位，可分为球上囊肿、鼻腭囊肿、正中囊肿和鼻床囊肿，也有可能是由损伤引起的，可分为颌面部外伤后发生的血外渗透性囊肿和像动脉瘤一样的鼓囊肿。牙源性的颌骨囊肿一般是从成齿组织或牙齿进化而来的，非齿源性的颚骨囊肿是从胚胎发育过程中残留在颚骨内的上皮发展而来的。