相对于正常的精子来说，如果精子畸形率过高在怀孕的时候，流产的概率也会相对增高一些，部分精子畸形率在0.5％-1％，患者妊娠后流产风险发生率较高。是否精子本身畸形导致流产发生率增高或精子非整倍体而导致流产发生，目前无确切证据认为精子畸形和流产发生有直接关系。精子的畸形和胎儿的畸形亦无明确关系，畸形精子症患者不会导致胎儿出现畸形情况，并非完全不能生育。