舌咽神经痛局限于舌咽神经分布区，出现发作性剧烈疼痛。其疼痛的性质与三叉神经痛相似。发作时口腔内部扁桃体，舌根，咽喉及耳道深部会出现明显的剧烈电击样，针刺样，刀割样或者撕裂样疼痛，持续数秒或一到两分钟，突然发作突然停止，间歇期完全正常。严重病例会因为疼痛剧烈而出现面肌反射性抽搐，以及喉部痉挛感，可由吞咽，谈话，打哈欠，咳嗽等动作发作。舌咽神经痛的症状呈周期性发作，可为数日，数周或数月不等，缓解期没有症状和常人一样。随着病程的进展舌咽神经痛发作次数逐渐增多，发作时间延长间歇期缩短甚至为持续性发作，后期很少自愈。患者可能因为恐惧疼痛而不敢洗脸，刷牙，进食，出现口腔卫生差，面色憔悴，情绪低落等症状。